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有业界人士认为，出现假药的核心问题不在于防伪，而是在于流通环节没有堵住，执法部门不作为。
电子监管码的弊端还在于降低了企业的效率，“不搞电子监管码，我倒找给你钱行不？”有企业这么问。
“没有电子监管码之前，药品就无法追溯了吗？”张明说，每家药厂都有生产批次编号，每家经销商零售商都有底单发票，“倒推30年，有这套系统，也查得到假药源头。”
李福说，从企业承受能力上讲，像基本药物这种大批量低收益产品，目前阶段负担电子监管码的成本，既也不现实，也不合理。
基本药物最大的市场是医院，如果没有加入电子监管系统，医疗器械就不可能参加招标，企业会丧失大部分的市场份额。上述药监局人员称。
国家药监局推行电子监管码保证药品质量，初衷是好的，但现在技术可行性和流通渠道的实现上都是不具备的。国家没有成熟的监管码系统和数据库，数字处理能力、可控性、码段容量这些问题都没有解决，甚至做项目的供应商也没有成熟的设备和程序，技术人员也不具备足够的项目管理知识和能力。
4月1日起不执行电子监管码禁止参加基本药物招标采购。市场禁入算作一种处罚，处罚必须有法律依据和授权，但目前明显缺乏依据。文件还规定一定要贴到最小包装，贴到最小包装成本要增加很多，对于基本药物生产企业打击会很大。最关键的是，如果医院不执行，就缺了链条中最重要的一环，这个码的实行意义就没有了。至于医院能否执行，现在还是个未知数。
电子监管码的前生后世
获取码号、查询码号、关联码号，都必须通过国家药监局指定的网站——药品电子监管网。有企业感到奇怪，国家药监局所倚重的药品电子监管网，是一家名为中信21世纪（中国）科技有限公司支持的，医疗器械该公司是中信21世纪有限公司（以下简称中信21世纪）的全资附属公司。
中信21世纪是一家香港上市企业，在其公司简介中，称本集团为一间综合信息及内容服务供应商，本集团之主要业务包括电讯及信息增值服务、提供中国产品质量电子监管网、系统集成及软件开发。
中信21世纪的上市公司材料中称，电子监管网的推广工作得到了相关政府部门的肯定和支持。基本药物目录全品种药品的电子监管将被列入2010年医改的重点工作内容，意味着公司一直致力发展的电子监管网将在中国医疗制度改革中扮演更重要角色。这项工作的落实将进一步增强中国医药的良好市场秩序，医疗器械同时确立本集团在医药信息服务行业的领导地位。本集团管理层和员工将尽最大努力配合各级政府机构做好这项工作，并通过监管网服务与医药企业建立和巩固起良好的客户关系，为拓展更广泛的信息化服务奠定坚实的基础。
